تقع في حافة الخليف أسسها وبناها العلامة الشيخ سالم بن فضل بافضل المتوفى سنة 581هـ في القرن السادس الهجري ويقام بها مدرس عام صباح يومي الأحد والثلاثاء من كل أسبوع وأبوابها مفتوحة لطلاب العلم.

تقع بجانب مسجده وهي قديمة ويقام بها مدرس عام في الأسبوع مرتين بعد صلاة الظهر من يومي الأثنين والخميس.

تقع في حافة السوق قريبا من مسجد السقاف وبني في القرن التاسع الهجري على يد الإمام محمد بن عمر أبو مريم المتوفى سنة 822هـ أسسها وبناها لتحفيظ القرآن الكريم وهي بحمد الله لا زالت معمورة وفاتحة أبوابها لتحفيظ كتاب الله تعالى.

تقع بالخليف أسسها العلامة عبدالله بن أحمد بن عمر بلفقيه المتوفى سنة 1299هـ ويقام بها مدرس عام عصر يوم الأثنين.

وتقع هذه المدرسة بالسحيل بالقرب من مسجدهم المعروف بمسجد الأبرار ويقام بها عصر يوم الأثنين مدرس وعصر يوم الثلاثاء حضرة باسودان.

من أجل المعاهد العلمية الدينية الشهيرة بمدينة تريم وقد أسس هذا الرباط وتم بناءه وافتتح عام 1304هـ وقد اشترك في وقف أرضية هذا الرباط المبارك وبنائه جماعة من تجار وأعيان تريم منهم السيد الفاضل أحمد بن عبدالرحمن الجنيد والسيد العلامة محمد بن سالم والسيد الفاضل أحمد بن عمر الشاطري والسيد الفاضل عبدالقادر بن أحمد الحداد وغيرهم ولازال هذا الرباط أبوابه مفتوحة لطلاب العلم وتقام فيه الدروس المختلفة والمتنوعة وفي أوقات مختلفة.

وتقع بحوطة آل أبي علوي بجانب مسجد العيدروس وأسست في القرن الرابع عشر الهجري وهي بحمد الله فاتحة أبوابها لطلاب العلم وتقام بها دروس متنوعة وفي أوقات مختلفة.

تقع هذه المعلامة المباركة بحارة السحيل ومؤسسها الإمام العلامة عبدالله العيدروس بن أبي بكر السكران باعلوي في القرن التاسع الهجري واشتهرت هذه المعلامةبمعلامةباغريب نسبة للمتصدرين بها للتدريس وهم المشايخ الأفاضل آل باغريب ولا زالت هذه المعلامة فاتحة أبوابها لطلاب العلم.

تقع هذه العلمة في حارة الخليف ومؤسسها الإمام أحمد بن محمد بارشيد ويقال أن مؤسسها الإمام عبدالله العيدروس وقد اشتهرت هذه المعلامة بعلامة باحرمي نسبة للمتصدرين فيها من المشايخ الأفاضل آل باحرمي ولا زالت بحمد الله هذه العلمة فاتحة أبوابها للطلاب العلم.

دار المصطفى للدراسات الإسلامية أسسها الحبيب عمر بن حفيظ بتريم بمحافظة حضرموت جنوب اليمن عام 1414 هـ، وتعتبر دار المصطفى من المراكز الإسلامية التي تستقطب الطلاب من مختلف أنحاء العالم لغرض تلقي العلوم الإسلامية بالأسلوب العريق الذي تمتاز به الحواضر الإسلامية المعروفة.

هي مركز علمي لتعليم النساء العلوم الشرعية تحت إشراف دار المصطفى بتريم للدراسات الإسلامية ، ويستقبل طالبات العلم من داخل اليمن وخارجه ويقع بحارة الروضة بعيديد.

هو معهد علمي أنشئ عام 1425 هـ يهتم بتعليم القراءات القرآنية تحت إشراف عدد من الشيوخ والمدرسين المجازين بالقراءات ، بالإضافة إلى تحفيظ القرآن الكريم ، وتدريس العلوم الشرعية واللغة العربية.

يقع رباط الإمام المهاجر بمنطقة الحسيِّسة بشعب المهاجر شرق مدينة سيؤن – حضرموت ، وهو أحد فروع أربطة التربية الإسلامية ومراكزها التعليمية والمهنية التابعة للحبيب أبوبكر العدني بن علي المشهور ، ويستقبل طلاب العلم من داخل اليمن وخارجه من عدة دول أهمها دول شرق آسيا وشرق أفريقيا.

كلية أنشئت عام 2014م تحت رعاية عميدها الحبيب أبوبكر بن علي المشهور تجمع لطلابها بين العلم الأكاديمي والعلم الشرعي المتلقى بالسند المتصل ، ومقرها الرئيسي برباط الإمام المهاجر بمنطقة الحسيسة بشعب المهاجر شرقي مدينة سيؤن ولها فروع بساحل حضرموت وعدن.

تعد كلية الـشريعة أولى كليات الجامعة حيث أنشأت عام 1995/1996م وتقع في مدينة تريم بوادي حضرموت ، المدينة التي تبوّأت مركزاً علمياً ودينياً متميزاً واشتهرت بتخريج العديد من العلماء والمربين . تقدم الكليّة نموذجاً فريداً في طريقة التعليم فقد جمعت بين طرق التعليم القديم الذي اشتهر بتخريجه المتميزين ، و النظم الجامعية الحديثة . ويقوم بالتدريس في الكلّية نخبة من العلماء المشهود لهم بالعلم والعمل ممن أتقنوا قراءة وفهم الكتب القديمة إضافة إلى أساتذة متخصصين وأكاديميين من اليمن وخارجه، وتسعى إلى تكوين العالم المتبحر في علوم الشريعة والعلوم القانونية العارف بمتطلبات العصر الحديث ، كما تسعى منذ تأسيسها لاحتواء أكبر عدد ممكن من أبناء العالم الإسلامي .وتمتاز الكليّة بمتانة منهجها الذي يفي بمتطلبات التخصص الدقيق في الفقه و الأصول والقانون إضافة إلى تكوين العالم الذي لا يفوته معرفة علوم القرآن ومصطلح الحديث إلى جانبها دراسة الاقتصاد الإسلامي والمصارف والحاسوب . ومن منهج الكليّة تربية الطلاب على الاعتدال بعيداً عن التعصب المذهبي ، تحارب الغلو في الدين وتشجع البحث العلمي خاصة فيما يستجد من نوازل في ظل احترام العلماء وتوقيرهم والاعتراف بفضلهم.